課程資訊
課程名稱
高等電腦模擬藥物設計
ADVANCED COMPUTER-AIDED DRUG DESIGN 
開課學期
99-1 
授課對象
電機資訊學院  資訊工程學研究所  
授課教師
曾宇鳳 
課號
CSIE5154 
課程識別碼
922EU3830 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期三6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
 
備註
本課程以英語授課。本課程以英語授課。上課地點:資工德田館R519
總人數上限:40人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/991ACADD 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

TBA 

課程目標
TBA 
課程要求
 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
另約時間 備註: Please email for appointment 
指定閱讀
 
參考書目
Molecular Modelling for Beginners, 2nd Edition

Molecular Modeling and Simulation
An Interdisciplinary Guide Series: Interdisciplinary Applied Mathematics , Vol.
21
Schlick, Tamar

 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
Final Exam 
30% 
 
2. 
Demo 
20% 
Each of the student is responsible to do a full tutorial on modeling software assigned 
3. 
Project 
30% 
Each of the student is responsible to design and work on a true drug modeling case 
4. 
Subject Presentation 
20% 
 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
Week 1
09/15  Introduction to advanced computer-aided drug design 
Week 2
09/22  中秋節放假 
Week 3
09/29  The Forces between Molecules. 
Week 4
10/06  Balls on Springs/Molecular Mechanics 
Week 5
10/13  Basic of File Format and Pymol 
Week 6
10/20  The Molecular Potential Energy Surface 
Week 7
10/27  Molecular Mechanics Examples(1) 
Week 8
11/03  Molecular Mechanics Examples(2) 
Week 9
11/10  Sharing Out the Energy
(program demo: AutoDock 林芳宇) 
Week 10
11/17  Introduction to Statistical Thermodynamics
(program demo: Swiss‐PdbViewer 王品蒨) 
Week 11
11/24  Force Fields
(program demo: MODELLER 林澤豪) 
Week 12
12/01  Nonbonded Computations & Mid‐semester idea present
(program demo: VMD 陳洋廷) 
Week 13
12/08  Multivariate Minimization in Computational Chemistry
(program demo: NAMD 邵祈諭) 
Week 14
12/15  Monte Carlo Techniques
(program demo: GROMACS 陳星佐) 
Week 15
12/22  Molecular Dynamics(1) & Prefinal progress(1)
(program demo: WHAT IF 徐國翔) 
Week 16
12/29  Molecular Dynamics(2) & Prefinal progress(2) 
Week 17
01/05  Molecular Dynamics(3) 
Week 18
01/12  Final 
Week 19
01/19  Final project